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氨基酸定制(Trimer、IUBcode、NNK) 文库构建

通用生物可提供氨基酸定制 (Trimer、IUBcode、NNK)文库构建,交付线性DNA文库或质粒DNA文库。文库具有库容量大、均一性好、精准经济的优势,便于后续蛋白定向进化、抗体筛选、药物靶点筛选、酶的优化等方面的研究。

氨基酸定制(Trimer、IUBcode、NNK)引物

  • 1.Trimer引物——可满足对蛋白、抗体文库中特定位点氨基酸的多样性和偏好性需求
    • 可在突变位点处避免产生冗余突变和终止密码子
    • 根据氨基酸碱基密码进行设计,密码子与氨基酸一一对应
    • Trimer混合元件单元设计引物,可精准控制突变位点氨基酸比例
  • 示例1
  • 5'GCAACTTATTACTGTCAGCAA(X)5-8CYGWTCACGTTCGGACAGGG3'
  • X Trimers=Y(50%)/S (10%)/G(10%)/A(5%)/F(5%)/W(5%)/H(5%)/P(5%)/V(5%)
  • 示例2
  • 5'YCAVCTTATTACTATCAGCAA(X)3-6CYGWTCACGTVSGGACAAAG3'
  • X Trimers=A(30%)/S (20%)/W(15%)/Y(10%)/F(5%)/G(5%)/H(5%)/V(5%)/P(5%)

表1. Trimer与氨基酸对照表

  • 2.IUBcode简并引物
  • 通过混合2-4种碱基,核苷代码由单一的A、T、C、G拓展到R、Y、......N等11种混合核苷代码(IUB code,见表2)。使用IUB code构建不同的密码子组合,可以在突变位点形成固定氨基酸的组合。

表2. UBcode密码对照表

  • 3.NNK简并引物
  • NNK简并密码子包含了32种密码子组合,覆盖了所有20种氨酸残基,是构建文库常用的简并密码子。
  • 示例
  • 5'GGCCCTAACGGATAACCG(NNK)6GCCAATTCATGCACCTTACG3'
  • N=A/C/G/T, K =G/T

服务优势

    • 无需DNA模板,只需提供序列信息
    • 超高的突变精确性、更丰富的文库多样性
    • 更大的文库容量,更高的筛选成功率
    • 获得利用传统突变方法无法获得的基因变异体

质量控制

    • 线性DNA文库:PCR产物文库,将该文库连接至特异性载体上,随机挑取10-40个克隆测序,从而确定该文库的多样性和准确率;
    • 质粒DNA文库:将线性DNA文库装至客户指定载体上所得到的克隆文库,随机挑取12-96个克隆进行测序,从而确定该文库的多样性和准确率。

服务流程

文库设计

1

突变引物库合成

2

质粒(或线性)DNA文库构建

3

质量控制

4

交付质粒(或线性)DNA文库

5

交付标准

  • 1-5μg线性DNA文库或5-10μg质粒DNA文库的冻干样品
  • 1支含有混合文库的穿刺菌/甘油菌
  • 测序峰图(abi文件电子版)
  • COA文件(电子版)
  • 基因序列比对文件(电子版)

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