科研服务

      微生物多样性测序是对环境样品中细菌(16S rDNA)、真菌(18S/ITS)、功能基因等基因的DNA进行特定长度的PCR扩增, 并对扩增产物进行测序的分析,可实现对环境样品中的优势物种、稀有物种和一些未知物种进行检测,精准解析微生物在种属水平上的组成和丰度情况,是当前研究环境微生物多样性及群落组成差异的重要技术手段。



技术路线



送样要求

DNA样品 浓度及总量
illumina 浓度≥1ng/μL,总量≥30ng
ONT/BGI 浓度≥20ng/μL,,总量≥1μg

环境样品 送样要求 保存及运输
普通土壤 除去土壤表层未分解的凋落物层、动植物残体、石砾等杂质,将大块的样品捣碎,过2mm筛 后,分装至2mL或更大体积的EP管或冻存管中;每管土壤含量大概0.25~0.5g,需保证送样量在1~2g。 样本-80°C或液氮中长期保存,干冰运输
根际土壤 收集植物植株,去除根部大块土壤;摇动植株去除附着不紧密的土壤,使用无菌刷子收集根部附着紧密的土壤;随机多点取样5-10g,过2mm筛后,分装至2mL或更大体积的EP管或冻存管中;每管土壤含量大概0.25~0.5g,需保证送样量在1~2g。
粪便 无菌牙签或粪便取样器截取样品中段内部(避免表层中的肠道膜脱落细胞),外部容易污染目细菌DNA由于接触空气可能有降解。将已取的粪便样品分装至2mL EP管(无菌)或冻存管(无菌)中,每管粪便量为0.5~2g,每个样品分装2~3管备份。
肠道内容物 在实验对象死亡后,无菌条件下,取出整个肠道,用无菌解剖刀切取所需肠段的,用无菌手术刀挖取内容物分装至2mL EP管(无菌)或冻存管 (无菌)中,每管组织量为0.5~2g,每个样品分装2~3管备份。
水体 过滤大量低微生物含量的清亮水样用0.22um 的聚苯醚砜滤膜,每个样本至少1L水样。浑浊水样使用0.22um滤膜过滤缓慢容易堵塞时,建议使用0.45um的混合纤维素酯滤膜,每个样本0.5L-1L水样;如果水样中不可溶解的颗粒较多,需要使用2-5um孔径的滤膜将不可溶解的颗 粒杂质滤去,再使用0.22um或0.45um的滤膜富集菌体,每个样本0.5L-1L水样。
空气 开动采样仪(浮游细菌采集器),使被测空气滤过凝胶膜 (灭菌),空气中的浮游菌被截留在凝胶膜上(过滤时间越长,收集的空气中的灰尘越多,菌数量越多),收集完成后取下滤膜。


分析内容展示


案例分析

研究背景

全球土壤系统中的塑料污染正成为一个严重的全球性问题,对陆地生态系统服务和人类健康构成潜在威胁。为了确定聚乙烯薄膜的降解性和生态效应,本研究以小麦为试材,通过盆栽试验,研究塑料降解与土壤微生物群落组成之间的互相作用。


研究结论

不同条件下的PE膜具有独特的降解性能,改变了土壤微生物群落组成。此外,在塑料薄膜上形成了一个巨大的独特微生物群,这可能会改变土壤的基本性质。PE膜可能是一种独特的微生物定殖基质,可能促进其自身降解,改变生物地球化学过程和土壤生态功能。


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