科研服务

BASSFISH MetaScope · 原创靶向原位成像


一张切片，讲清「谁在哪、表达什么、和谁相邻」

高通量大尺度空间转录组一站式检测服务。基于原创 BASSFISH 靶向原位成像技术，在保留组织空间位置的前提下，一次性完成上千个基因的原位定量与定位，输出带坐标的单细胞分辨率表达图谱。


什么是空间转录组？能解决什么问题？

常规转录组与单细胞测序需要把组织解离成细胞悬液，测完之后「细胞原来在哪」这一信息就永久丢失了。而组织的空间结构，恰恰是理解发育、疾病与微环境的关键。


MetaScope 空间转录组服务采用靶向原位成像路线：不消化、不建库、不测序，直接在完整组织切片上完成 RNA 分子的原位捕获与多轮荧光解码，因此每个转录本都带着精确的三维坐标回到你手中。

  • 看得更全——25 mm 直径圆形捕获区，大组织一次成图，避免拼接误差
  • 看得更细——200nm 亚细胞分辨率，直击转录本的胞内分布
  • 配得更省——Panel 灵活定制，几十到上千个基因按需选配
  • 用得更稳——国产平台交付可控，RNA + 蛋白共检测

多组织适用：小鼠神经 / 心脏 / 肾脏、人视网膜发育、人脑肿瘤

选择通用生物空间转录组的四条硬理由

从视野、分辨率、Panel 灵活度到交付稳定性，每一项都对照真实实验痛点设计。


技术原理与分析流程

两大核心技术叠加标准化生信流程，从原始图像一路走到带空间坐标的表达矩阵。


标准化服务流程

五个环节，全程专人对接，节点清晰可追溯

步骤 环节 服务内容
01 需求沟通与方案设计 明确组织类型、科学问题与基因数量，确认样本适用性，输出检测方案与报价
02 探针 Panel 设计与定制 选用现成 Panel 或基于研究靶点定制Panel
03 样本接收与质控 接收新鲜冷冻组织样本，检测样本完整性、RNA降解程度及组织形态。
04 原位实验与成像采集 BASSFISH 挂锁探针杂交、滚环扩增，多轮荧光编码成像，全自动采集原始图像
05 解码分析与成果交付 BassAnalyzer 图像解码、信号识别与细胞分割，BassExplorer 空间图谱交互可视化，标准分析报告与数据交付

实测结果展示


服务参数

服务项目 服务说明
成像范围 25 mm 直径圆形捕获区（490 mm² 大视场成像）
分辨率 RNA 分子定位精度 ≤200 nm（亚细胞分辨率）
基因通量 4–1288 个基因，支持预制与全定制 Panel
组学扩展 RNA 转录本 + 蛋白标志物共检测
样本类型 新鲜冷冻组织/冰冻切片（石蜡切片流程优化中）
交付周期 自收到合格样本起 2–10 周（按基因通量确定）

送样须知

样本质量直接决定成像效果，建议送样前先与项目专员确认制备细节，可显著缩短周期。

样本形式：新鲜组织 OCT 包埋速冻，或已制备的冰冻切片                     保存运输：-80 ℃ 保存，干冰运输，避免反复冻融

组织尺寸：建议不超过15 × 15 mm，以适配直径 25mm 的圆形区域     随样信息：物种、组织类型、分组信息与靶基因列表

切片厚度：建议 10 μm，可按组织类型协商调整

*提示：不同组织的制备与运输条件存在差异，送样前请先与项目专员确认，可显著缩短周期。

交付标准

数据全量交付、可回溯复核，并支持与单细胞测序联合分析。

交付项 内容说明
原始数据 多层原始荧光成像数据，可回溯复核
表达矩阵 细胞分割结果与 Cells × Genes 表达矩阵
空间图谱 基因表达热图、细胞类群分布图、区域注释图
分析报告 标准生信分析报告（PDF），含方法与质控说明
可选增值 与单细胞测序联合分析、定制化深度数据挖掘

适用场景

已在神经、肾脏、肿瘤、眼科等多类组织完成实测验证。


MetaScope代表性应用成果

期刊 影响因子 年份 文章题目
Nature Neuroscience 20.30 2026 Spatial and single-cell characterization of human glioblastoma tumor microenvironment reveals malignant cellular communities
Nature Methods 28.30 2024 Benchmarking algorithms for single-cell multi-omics prediction and integration
Nature Communications 18.10 2023 SPACEL: deep learning-based characterization of spatial transcriptome architectures
Cell Discovery 16.90 2023 Single-cell landscape of primary central nervous system diffuse large B-cell lymphoma
Science Advances 13.90 2023 Dynamics and regulation of mitotic chromatin accessibility bookmarking at single-cell resolution
Nature Methods 28.30 2022 Benchmarking spatial and single-cell transcriptomics integration methods for transcript distribution prediction and cell type deconvolution
Cell Reports 7.70 2022 Single-cell transcriptome profiling and chromatin accessibility reveal an exhausted regulatory CD4+ T cell subset in systemic lupus erythematosus


MetaScope合作单位：中国科学技术大学、北京大学、复旦大学、上海交通大学等 20+ 科研机构。本资料仅用于学术交流，最终参数以官方发布为准。


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