转录组测序能够对样品任意时间点或任意条件下的转录组进行测序，获取某一状态下所能转录出来的所有mRNA的信息，拥有精确到单个核苷酸的分辨率。能够动态反映基因转录水平，同时鉴定和定量稀有转录本和正常转录本， 并提供样品特异的转录本序列结构信息。目前已广泛应用于动植物发育调控、环境适应、免疫互作、基因定位、物种遗传进化、分子育种、药物研发及遗传疾病检测等。